面向OpenCL架构的大规模生物序列比对

摘要：

为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性；通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提高全局存储器的带宽利用率；通过增加偏移量改变存储器模块的映射方式,避免模块访问冲突,提高局部存储器的使用效率.实验结果表明,优化后的生物序列比对性能提升了近100倍.

关键词：OpenCL、GPU、生物序列比对、Smith-Waterman算法

所属期刊栏目：33

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：上海市重点学科建设基金项目B114;AMD大学合作计划基金

在线出版日期：2012-09-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：392-398