一种仿生的面向可重构多细胞阵列的分布式定序方法

摘要：

提出一种仿生的面向多细胞阵列的分布式定序方法.该方法是基于生物学上的图式形成理论,通过催化剂-抑制剂模型在多细胞阵列中建立浓度梯度,并在此基础上进行定序.该方法具有如下的特点:跟现有的多细胞阵列维序方法相比,它采用主动的维序方式；跟传统的分布式定序方法相比,它不需要初始特征值就能实现定序和维序.故障注入实验表明,该定序方法较现有的方法具有更强的鲁棒性,在细胞出错的情况下能够重新建立浓度梯度和重新定序.此外,我们在Xilinx公司的型号为Virtex-6 XC6VLX760的FPGA芯片上实现了5x5多细胞阵列,对浓度梯度建立和重建时间及硬件资源开销进行了评估.

关键词：仿生、分布式定序、可重构多细胞阵列、图式形成理论

所属期刊栏目：32

分类号：TP302(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金项目60833004;国家”八六三”高技术研究发展计划重点基金项目2008AA01A201

在线出版日期：2012-06-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：2289-2294