基于统一投影和邻居桶聚集提炼策略的基序查找算法

摘要：

基序查找是生物信息学中的一个重要问题,由于生物序列中大多数信号的复杂性,一直没有很好的模型或可靠的算法来求解这一问题.本文提出了一种基于统一投影和邻居桶聚集提炼策略的基序查找算法UPNT(Uniform Projection with Neighbourhood Thresholding).在UPNT算法中,利用统一投影策略有效减少了投影数目,并使用邻居桶聚集提炼的策略大大减少了提炼桶的数目.本文进一步使用背景分布均衡与非均衡的合成(l,d)序列两套数据集对算法性能进行测试和分析,实验结果表明:UPNT在成功率和运行时间上的综合性能优于Random Projection、Aggregation和Uniform Projection等投影算法,具有更强的适用性.

关键词：基序查找、投影、聚集、植入(l、d)问题

所属期刊栏目：28

分类号：TP18(自动化基础理论)

资助基金：国家自然科学基金60433020;教育部跨世纪优秀人才培养计划NCET-05-0683;教育部长江学者和创新团队发展计划IRTO661

在线出版日期：2007-12-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1963-1967