一种分布式网格计算框架以及在大规模分子动力学模拟中的应用

摘要：

分子动力学(molecular dynamics)模拟蛋白质等大分子内原子间的相互作用.蛋白质折叠所需的时间通常在微秒(10-6s)量级,而进行模拟的时间步长在飞秒(10-15s)量级,并且每步需要计算大量的相互作用(O(n2),n为原子数),以致于无法模拟足够长时间的折叠过程.现今在满足精确度的需求下没有更好的模拟算法.最近,生物学家研究了一种分布式的动力学方法,使得可以利用分布在Internet上的计算机进行并行模拟成为可能.本文的目标是设计并实现在分布式P2P和网格计算环境等多种异构计算资源下进行动力学模拟的可靠框架,以便更大限度地利用计算资源,加快计算过程.我们基于Java和Web service技术,已经实现了对应用透明的计算框架,并已将它扩展到我们的网格计算环境.实验表明分子动力学模拟程序在该框架下运行良好.

关键词：网格计算、分子动力学模拟、分布式计算、P2P

所属期刊栏目：27

分类号：TP393(计算技术、计算机技术)

资助基金：高比容电子铝箔的研究开发与应用项目2002AA104560;教育部留学回国人员科研启动基金

在线出版日期：2006-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1326-1330