生物序列拼装欧拉路径算法的Gamma描述及其并行化研究

摘要：

序列拼装是生物基因测序的一个重要环节,也是生物信息学重要的研究内容.[2]中将Eulerian路径的方法应用于序列拼接,较好地解决传统序列拼装软件中存在的repeat问题,从而提高序列拼装的精度.但对于该方法的研究目前还只有串行化的实现,拼装速度不够理想.在本文中,我们采用了并行化Gamma模型形式化地描述了用于序列拼装的Eulerian方法,并给出了Gamma程序的并行化实现方案.

关键词：序列拼装、Gamma模型、并行化、欧拉路径

所属期刊栏目：25

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

在线出版日期：2004-05-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：707-711