用MCEM加速算法估计多序列无根树最优分支长度

摘要：

系统发育树是通过对生物序列的研究来推测物种的进化,其核苷酸替代模型通常假设序列进化为完全数据,但现实中很难满足此假设,针对此事实,该文运用MCEM加速算法对序列长度假设不变,但存在缺失的情形下做出了Jukes-Cantor模型下含缺损数据的DNA序列构建无根树最佳分支长度的参数估计,并说明了MCEM加速算法比EM算法更有效.

关键词：系统发育树、MCEM加速算法、Jukes-Cantor模型、参数估计

所属期刊栏目：36

分类号：O213(概率论与数理统计)

资助基金：国家社会科学基金项目13XTY002;青海大学中青年科研基金项目2012-qgy-3

在线出版日期：2014-08-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：13-16