miR-21抑制表达稳定转染SK-N-SH1381中差异表达mRNA筛选及验证

摘要：

目的 筛查miR-21抑制表达的人神经母细胞瘤细胞株(SK-N-SH1381) mRNA表达谱,寻找miR-21潜在下游靶基因,以进一步深入探讨miR-21及其参与的通路在肿瘤发生发展中的作用.方法 采用Agilent Human Gene Expression Chip技术筛选了慢病毒转染稳定抑制miR-21表达的入神经母细胞瘤细胞株(SK-N-SH1381)和其配对的慢病毒转染无义序列的入神经母细胞瘤细胞株(SK-N-SH1v3-nc),运用生物信息技术,预测miR-21靶基因、基因功能富集,结合相关文献检索,筛选出候选基因,并在细胞水平通过荧光定量PCR验证芯片结果.结果 基因表达谱芯片共筛选出4 985个差异在2倍以上的mRNA(P＜0.05),其中上调表达的基因2 734个,下调表达的基因2 251个.基于microRNA的作用,我们仅选择其中上调的2 734个基因为miR-21可能靶基因,与生物信息学软件分析预测出的398个潜在靶基因进行Venn分析,共获取64个候选潜在靶基因.进一步通过生物信息学分析与文献检索,挑选出6个可能靶基因,分别为EVA1A、TOM1 L2、RGMA、LINC-PINT、NACC2及RPAP3.细胞水平荧光定量PCR结果均与芯片结果一致,EVA1A、TOM1 L2是其中差异表达倍数变化最大的2个候选基因.结论 结合芯片技术和生物信息学分析,在miR-21抑制表达的神经母细胞瘤细胞株中,筛选出6个miR-21可能的下游靶基因,分别为EVA1A、TOM1L2、RGMA、NACC2、RPAP3及LINC-PINT.其中EVA1A、TOM1L2是其中差异表达倍数变化最大的2个候选基因,进一步后续研究,探讨其在神经母细胞瘤发生发展中的作用.

关键词：神经母细胞瘤、基因表达芯片、基因表达谱

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资助基金：国家临床重点专科国卫办医函2013544号;Clinical Specialty Construction Programs of China2013544

在线出版日期：2016-12-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：867-871