多组学联合分析神经胶质瘤中SOX4表达差异及临床意义

摘要：

目的 通过多组学分析探究SOX4(SRY-Box Transcription Factor 4)在恶性胶质瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)中的表达差异及临床意义.方法 从TCGA和GTEx数据库中下载25种肿瘤表达谱数据.采用R软件分析GBM和LGG组织中SOX4 mRNA表达差异.通过ScTIME Portal数据库分析胶质瘤单细胞中SOX4 mRNA表达情况.ROC曲线评估SOX4对GBM和LGG的诊断价值.通过基因富集分析(GO、KEGG和GSEA)筛选SOX4共表达基因功能.STRING数据库构建共表达基因相互作用网络(PPI).利用cBioPortal数据库分析SOX4基因突变率.运用MethSurv数据库分析SOX4基因甲基化水平及其与预后的关系.通过ssG-SEA分析SOX4表达与免疫细胞浸润相关性.结果 SOX4 mRNA在GBM和LGG中高表达.SOX4在GBM(AUC=0.978)和LGG(AUC=0.985)中诊断价值较高.基因富集发现37个SOX4共表达基因与外泌体及囊腔、神经脊分化、炎症反应、有丝分裂和DNA修复有关.SOX4在GBM和LGG中突变率分别为0.4％和1.5％.SOX4 基因 Cg22274825、Cg08625851、Cg00792966 和 Cg23780597 位点 DNA 甲基化水平与 GBM 和 LGG预后密切相关.SOX4与GBM和LGG中肿瘤免疫细胞Th2、Tgd、Tcm、TFH、T helper cells、pDC等密切相关.结论 SOX4是潜在的GBM和LGG诊断和预后生物标志物,有望成为神经胶质瘤的治疗靶点.

关键词：神经胶质瘤、SOX4、DNA甲基化、基因突变

所属期刊栏目：36

分类号：R739.4(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金;湖北省卫生健康委面上项目;湖北省卫生健康委面上项目;大学生创新创业项目;大学生创新创业项目;湖北科技学院校内发展基金;湖北科技学院校内发展基金;湖北科技学院医学部口腔与眼视光医学院专项科研基金

在线出版日期：2022-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：397-404