网格化MRRF距离矩阵并行生物进化树算法

摘要：

针对传统生物进化树执行效率不高的问题,提出一种网格化MapReduce-Robinson-Foulds (MRRF)距离矩阵并行生物进化树算法.首先,基于HashRF算法基本思想,设计实现了生物进化树MapReduce模型的网格化构建,以及网格参数计算;其次,利用两阶段MapReduce过程分别获得Robinson Foulds距离子矩阵和联合后的距离总矩阵,实现了进化树在MapReduce架构下的Robinson Foulds矩阵表示.最后,通过与Hash和HashRF算法进行对比,显示MRRF算法在运行时间和算法加速比上均要优于对比算法,并通过仿真对网格计算节点在不同核心数情况下对算法的影响进行了实验研究.

关键词：Robinson-Foulds距离、生物进化树、MapReduce、网格化、并行计算

所属期刊栏目：41

分类号：TP393(计算技术、计算机技术)

资助基金：2014年度广西高校科学技术研究项目YB2014417;2014年度河南省科技计划项目142102210225

在线出版日期：2016-06-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：85-91