蒲桃属叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析

摘要：

[目的]通过对蒲桃属叶绿体基因组的特征、密码子使用模式以及系统发育分析,探讨蒲桃属系统发育关系及密码子偏好性的形成因素,促进其药用价值进一步开发利用.[方法]本研究以Illumina高通量测序技术获得的红枝蒲桃叶绿体基因组序列和从NCBI直接获取的蒲桃属5个种的叶绿体基因组为研究对象,利用Rstudio及其他软件分析蒲桃属6个物种叶绿体基因组特征、密码子使用模式和系统发育关系.[结果]蒲桃属叶绿体基因组IR区相对保守,LSC区和SSC区非编码区变异较大,编码区较为保守,但6个物种编码区的ycf1基因表现出明显的变异性;蒲桃属物种大多与桉属聚在同一大支;密码子偏好性分析表明,GC、GC1、GC2、GC3含量均稳定在一个值附近,GC3含量最低仅达28％左右,且RSCU＞1的30个高频密码子中有29个以A/U结尾;GC3与GC12的相关系数最大为0.141,未达到显著水平;ENC比值多分布在0.05～0.15.[结论]蒲桃属叶绿体基因组高度保守,与桉属(Eucalyptus)亲缘关系较近.第三位密码子偏好使用A/U结尾,密码子使用模式在受到突变影响的同时,主要受到 自然选择的影响.CGU、AGU、AAA、GCU、GGU、GUA、GAA等蒲桃属6个物种的共同最优密码子为蒲桃属叶绿体基因组的最优密码子.

关键词：蒲桃属、叶绿体基因组、密码子偏好性、系统发育分析

所属期刊栏目：36

分类号：S725(造林学、林木育种及造林技术)

资助基金：国家自然科学基金;云南省院士专家工作站项目

在线出版日期：2023-11-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1869-1880