苜蓿miR156及其靶基因生物信息学分析

摘要：

[目的]分析苜蓿miR1 56(mtr-miR156)基因家族的序列组成及基因表达功能,为mtr-miR156跨界调控的研究提供理论基础.[方法]应用PmiREN数据库检索并分析mtr-miR156家族成员成熟序列、茎环序列和成熟序列染色体定位信息,weblogo在线网站对mtr-miR156家族成熟序列、茎环序列进行保守性分析,DNAMAN软件分析茎环序列同源性,同时利用联川生物云平台和TargentScan在线网站预测并下载获得mtr-miR156 a的靶基因、靶基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过RNAhybrid在线网站比对预测到的所有靶基因与mtr-miR156a的结合位点和结合自由能值,选择符合自由能值的靶基因进行靶基因功能分析.[结果]PmiREN数据库共检索到10个mtr-miR156家族成员;10个成员成熟序列共定位在3条染色体上;10个成员中有8个成员成熟序列完全一致,其余2个成员成熟序列高度保守;10个成员茎环序列中位于成熟序列位置的碱基与成熟序列完全一致;茎环序列同源树分析结果显示10个成员共分为3个分支,mtr-miR156g与其他成员的亲缘关系最远;经过GO功能富集分析发现,预测到牛体内的靶基因显著富集于转录调控功能、细胞膜组成以及ATP合成等;利用KEGG通路注释表明,预测到牛体内的靶基因显著集中于脂肪酸降解通路和Ras信号通路调节等通路中.[结论]苜蓿miR156基因家族可能会通过相关靶基因跨界调控奶牛体内脂肪酸降解、ATP合成、细胞炎症、乳脂乳蛋白合成代谢等作用.

关键词：苜蓿、miR156、生物信息学、奶牛、跨界调控

所属期刊栏目：36

分类号：S858.23(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金;宁夏自然科学基金优秀青年项目;宁夏重点研发项目

在线出版日期：2023-09-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1385-1392