基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析

摘要：

[目的]研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构,揭示其遗传分化特征.[方法]利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序,基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析.[结果]65份野生茶树测序共获得74.48 G数据,540 633 846条高质量reads,通过比对获得769 893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个,多态性位点比例(PPL)为57.33％,观测等位基因数(Na)为0.4267～0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514～0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632～0.1328和0.0404～0.1233,多态性信息含量(PIC)介于0.0312～0.1025,香农指数(Shi)为0.0576～0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042～0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群,而PCA分析则可划分为4个亚群.[结论]65份野生茶树遗传多样性指数较低,亲缘关系较近,存在频繁的基因交流.本研究可为后续表型性状关联分析和品种选育提供依据.

关键词：GBS测序、古蔺、野生茶树、遗传多样性、遗传结构

所属期刊栏目：36

分类号：S571.1

资助基金：四川省科技厅应用基础项目;四川茶叶创新团队特色新品种选育;示范推广项目;四川省财政自主专项;四川省十四五茶树育种攻关项目;四川省农业科学院1+9揭榜挂帅科技攻关项目;四川省农业科学院拔尖人才项目;泸州市重点研发项目

在线出版日期：2023-08-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1141-1149