10.16213/j.cnki.scjas.2023.6.002
川党参转录组EST-SSR位点分析
[目的]探究川党参转录组SSR位点信息和分布特征.[方法]对川党参叶片进行转录组测序,通过MISA软件鉴定川党参转录组序列SSR位点,并对含有SSR位点的Unigenes进行功能注释.采用Primer 3.0设计EST-SSR引物,基于不同产地的川党参种质DNA模板,验证EST-SSR引物的扩增稳定性.[结果]从川党参转录组序列中共鉴定124 179个Unigene,其中26 084个Uni-gene序列包含35 827个SSR位点,SSR发生频率为21.01％.这些SSR位点共有165种SSR重复基元类型,从重复基元分布比例来看,单核苷酸重复基元A/T占SSR位点总数比例最高,为37.59％;从核苷酸重复基元平均距离来看,五核苷酸平均距离最大,为1288.54 kb;从基元重复次数比例来看,重复10次的最多,有7722个,占SSR总数的21.55％.川党参转录组SSR序列长度集中在12～19 bp,共19 628个,频率为54.79％,SSR长度在20 bp以上的潜在多态性位点有6933个,占总数的19.35％.筛选出27对扩增稳定的SSR引物,对川党参基因组DNA进行扩增,扩增片段大小范围为124～393 bp.基于不同产地川党参种质资源的基因组DNA模板,筛选了部分多态性标记,扩增条带清晰,多态性较好.此外对26 084个含有SSR序列的Unigenes进行Go和KEGG注释,这些Unigenes极显著富集于转录调控、DNA结合、催化、信号转导等生物过程.[结论]川党参转录组SSR序列具有较高的潜能多态性,挖掘的潜能SSR标记将为川党参遗传多样性分析、种质鉴定、辅助育种等提供研究基础.
川党参、转录组、功能注释、EST-SSR、分子标记
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S567(经济作物)
现代农业产业技术体系;湖北省农业科技创新中心重大科技研发项目;湖北省重点研发计划项目;湖北省农业科学院青年科学基金项目;恩施州科技计划研究与开发项目
2023-08-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共9页
1132-1140
