基于八角转录组序列的SSR分子标记引物开发

摘要：

[目的]为解决八角(Illicium verum)缺乏的SSR分子标记,以八角转录组数据为基础,开发EST-SSR分子标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为八角分子生物学研究奠定基础.[方法]应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点,并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析.应用在线设计软件对SSR引物进行设计,采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性,应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系.[结果]从44 267条Unigenes中获得8210个SSR位点,含一个EST-SSR位点的占比为11.11％,含2个或2个以上EST-SSR位点的占比为3.13％,复合SSR位点的占比为2.09％.SSR发生频率为14.24％,平均每5.37 kb出现一个SSR.在检索出的SSR位点中,二核、三核苷酸是主要重复类型,二核苷酸重复中以AG/CT占比最高,为46.03％,三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高,为16.58％,四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少.SSR重复单元的重复次数为4～40次,其中5次重复数最多,占比22.58％,再者为6次重复,占比19.83％;微卫星的长度分布为12～80 bp,其中12～15 bp的最多,占比37.39％.随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物,其Na为3～8、Ho为0.13～0.88、He为0.54～0.88、Ne为2.03～5.82、Ⅰ为0.83～1.84、引物多态性信息量指数为0.43～0.81,平均值为0.63,表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性,遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系.[结论]基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的,其引物具有特异性好、多态性高等优点,开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据.

关键词：八角、转录组测序、EST-SSR、引物开发

所属期刊栏目：35

分类号：S718(林业基础科学)

资助基金：国家自然科学基金;文山州基础科学研究项目;文山州创新人才项目;文山州政府八角高质量发展项目

在线出版日期：2022-08-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1261-1268