侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒和火龙果X病毒基因组序列差异和遗传变异

摘要：

[目的]分离侵染贵州火龙果的蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)和火龙果X病毒(Pitaya virus X,PiVX)基因组序列,探讨其序列差异和遗传变异.[方法]利用RT-PCR筛选含有ZyVX和PiVX的火龙果样品,然后通过RNA-seq获得ZyVX和PiVX基因组相关序列,进行序列组装、一致性比较、基因重组和系统进化分析.[结果]获得4条ZyVX贵州分离物和3条PiVX贵州分离物基因组近全长序列,长度分别为6570～6600和6649～6657 bp,分别覆盖参考基因组序列的99.2％～99.6％和99.3％～99.8％.4条ZyVX贵州分离物之间的基因组序列一致性为96.7％～99.5％,与其他已报道分离物的序列一致性为91.4％～96.9％,其ORF编码的氨基酸序列一致性为93.8％～100％.3条PiVX贵州分离物之间基因组序列一致性为98.2％～98.5％,与其他已报道分离物序列一致性为98.0％～99.1％,其ORF编码的氨基酸序列一致性为97.8％～100％.ZyVX和PiVX贵州分离物基因重组分析表明未发现明显的重组事件,系统进化分析表明未发生明显的遗传分化.[结论]当前贵州ZyVX和PiVX群体的基因组序列一致性高,其变异均为单核苷酸变异,未发生基因重组和遗传分化.

关键词：马铃薯X病毒属、氨基酸序列、序列一致性、遗传分化

所属期刊栏目：35

分类号：S436.67(病虫害及其防治)

资助基金：贵州省科学技术基金项目;贵州省科学技术基金项目

在线出版日期：2022-06-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1173-1177