10.16213/j.cnki.scjas.2020.10.004
印度南瓜高通量转录组测序与数据分析
[目的]获得印度南瓜转录组信息特征,为后续印度南瓜基因功能、分子标记、次生代谢途径及其调控机制等分析研究提供科学依据.[方法]本文以印度南瓜叶片为研究对象,采用Illumina HiSeqTM 2000进行高通量转录组测序并进行数据分析.[结果]转录组测序共获得26 083 711个高质量片段(clean reads),经Trinity de novo组装获得68 073条Unigenes,平均长度1236.73 nt.BLAST分析显示分别有37 542(占总Unigenes的98.34％)、23 946 (62.72％)、20 011(52.42％)、15 074(39.48％)、9938 (26.03％)、21 414(56.10％)、21 823(57.16％)和33 927(88.87％)个Unigenes在Nr、Swiss-port、KOG、KEGG、COG、GO、Pfam和eggNOG数据库得到注释信息,涉及127个KEGG标准代谢通路,其中包括类黄酮、莨菪烷、哌啶、吡啶生物碱、花色素苷和芥子油苷等次生代谢产物合成途径.借助MISA软件发现5391个SSRs,单碱基重复最丰富,有2906个,出现频率为53.90％,其次为三碱基重复SSRs,有1096个,出现频率为20.33％,五碱基重复SSRs最少,仅有10个.[结论]印度南瓜测序测序质量较好,可为后续基因资源挖掘、基因功能鉴定以及遗传多样性分析和遗传图谱构建提共依据.
印度南瓜、高通测序、基因、功能注释
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S642.1
福建省科技计划项目-省属公益类科研院所基本科研专项;福建省农业科学院科技创新团队建设项目;国家大宗蔬菜产业技术体系福州综合试验站;福建省科技重大专项;福建省农业科学院青年基金项目;福建省农业科学院自由探索项目
2020-12-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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