全基因组预测哈茨木霉的效应子

摘要：

[目的]通过采用高通量技术筛选哈茨木霉菌株的效应子.[方法]根据哈茨木霉CBS 226.95菌株全基因组14 065个蛋白序列信息,利用SignalP、TMHMM、TargetP和Protcomp等生物信息学软件和预测程序进行分泌蛋白预测.[结果]分析得到709个蛋白,占总蛋白的5.04％.再对709个分泌蛋白与胞外酶数据库进行比对分析、半胱氨酸含量、multiple tandem repeats分析,筛选获得＜ 300个氨基酸的小分子蛋白作为候选效应蛋白.共获得24个蛋白,其中有3个是碳水化合物结合模块家族蛋白,其余21个为假定蛋白.[结论]本研究利用生物信息学方法从哈茨木霉基因组中预测出候选效应子,为进一步研究效应子在拮抗真菌与病原真菌及植物间的互作关系奠定了基础.

关键词：哈茨木霉、全基因组、效应子、生物信息学

所属期刊栏目：33

分类号：S432.4+4(病虫害及其防治)

资助基金：广东省科技创新战略专项资金;广东省普通高校特色创新类项目;广东省科技特派员项目“柑橘病虫害绿色防控技术示范推广”

在线出版日期：2020-11-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1964-1968