10.16213/j.cnki.scjas.2020.3.009
基于转录组数据的三峡库区消落带适生狗牙根SNPs和SSRs分析
[目的]SNPs和SSRs标记在功能基因的识别和定位等方面具有重要作用.[方法]利用GATK和MISA软件分别分析狗牙根转录组测序数据的SNPs和SSRs.[结果]基于转录组数据搜索到297 542个SNP位点,主要以转换型为主;搜索到分布于18982条Unigene中的22 154个SSR位点,发生频率为12.89％,SSR位点主要以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主,三者合计占比为94.99％,其中AG/CT和CCG/CGG分别在二核苷酸和三核苷酸重复中占比最高;基序长度在12 ～20 bp的SSRs数量最多,占比达78.52％.[结论]狗牙根转录组中的SNPs和SSRs位点具有数量多、类型丰富和多态性较好等特点,或可为后续遗传多样性分析、品质鉴定和抗性相关性状解析等提供参考.
三峡库区消落带、狗牙根、转录组数据、SNP标记、SSR标记
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Q945.79(植物学)
重庆市教委科学技术研究项目;重庆市人文社会科学重点研究基地三峡库区可持续发展研究中心开放基金;2011协同创新中心和渝东北特色生物资源开发利用工程中心
2020-05-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共5页
524-528
