红小豆与芸豆AREB1基因生物信息学分析

摘要：

[目的]红小豆和芸豆作为重要的粮食作物,在我国东北地区广泛种植.但其在生长过程中经常遭受各种非生物逆境,如干旱、低温和盐碱胁迫等,这将严重影响其生长发育过程及产量品质的提高.AREB1是ABA信号转导中最为重要的转录因子之一,其可调节胁迫相关基因的表达,因此,解析红小豆和芸豆中AREB1基因的功能具有十分重要的意义.[方法]本研究利用拟南芥、NCBI、Phytozome等数据库初步获取红小豆和芸豆中的AREB1基因及蛋白序列,并通过ExPASy、SOPMA和MEGA 5.0等在线软件对所得蛋白质序列进行理化特性分析、二级结构预测和系统发育树构建.[结果]红小豆AREB1同源蛋白共3个,芸豆AREB1同源蛋白5个,均属于不稳定的亲水性蛋白,二级结构均以α螺旋和无规卷曲为主.除芸豆XP_007136688.1外,其余几种同源蛋白均为碱性蛋白,消光系数、分子量、脂肪族氨基酸指数、等电点均相近.同时红小豆AREB1的3个同源蛋白亲缘关系也较为相近,芸豆AREB1的5个同源蛋白除芸豆XP_007136688.1外也表现出较近的进化关系.[结论]利用红小豆和芸豆中AREB1基因结构与功能的生物信息学分析结果,可为其抗逆机制的研究及遗传改良提供重要参考与信息.

关键词：红小豆、芸豆、AREB1基因、生物信息学

所属期刊栏目：31

分类号：S52(豆类作物)

资助基金：黑龙江省科技厅项目2014BAD07B05-H06;黑龙江省杂粮现代农业产业技术协同创新体系

在线出版日期：2018-10-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1559-1564