10.16213/j.cnki.scjas.2018.5.003
基于SLAF-seq技术的乔木柳SNP位点开发
[研究意义]采用SLAF-seq测序技术开发乔木柳SNP位点对乔木柳育种发展有重大意义.[方法]本研究根据两亲本和杂交的F1代遗传群体经亲本鉴定195株为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序.选择同科基因组大小相似的三角叶杨的基因组作为参考基因组,通过电子酶切预测,最终选择Hae Ⅲ和Hpy166 Ⅱ两种酶进行酶切试验,长度在314 ～364 bp之间的酶切片段序列定义为SLAF标签,预测可得SLAF标签126008个,位于重复序列区的SLAF标签比例为1.60％.为进一步评估酶切方案的有效性与酶切效率,以水稻的测序数据为对照,通过SOAP软件比对水稻基因组(大小为382M)的测序reads与三角叶杨的基因组.[结果]通过研究得到双端比对效率为96.67％,酶切效率为92.06％,SLAF建库正常.采用本次研究中开发得到的SLAF标签277 333个,按照等位基因数和基因序列之间的差异,共获得99 526个多态性SLAF标签,比例达到35.89％.按照遗传学通用等位编码规则,成功编码了58 763个多态性SLAF标签.为构建遗传图谱进一步对SLAF标签进行过滤,最终获得6744个SLAF标签,进一步进行SNP位点的开发,在各连锁群上共开发得到9488个SNP位点.[结论]SLAF-seq技术可以很好地应用于乔木柳SNP位点的开发,可利用所开发的SNP标记,联系群体中不同个体的表型,关联定位与某性状紧密连锁的分子标记,进而可以实现优良基因的精细定位.
乔木柳、SLAF-seq技术、SNP位点
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S793.5(森林树种)
江苏省重点研发计划“现代农业”BE2016328;第十四批“六大人才高峰”高层次人才项目2017-NY-141
2018-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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