黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性与生物信息学分析

摘要：

[目的]为黔北麻羊种质资源的综合开发利用提供参考.[方法]应用DNA池结合PCR产物直接测序方法检测黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性,应用生物信息学方法对黔北麻羊DKK1基因的蛋白特性进行预测和分析.[结果]在黔北麻羊的DKK1基因CDS区及部分内含子序列中筛选出8个SNP位点,分别为第1内含子C1626T位点,第3内含子A3083G位点,编码区的T3000C、T3228C、T3238C、G3240A、T3271A和T3411C位点.其中,T3271A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)变为丝氨酸(Ser),其他编码区的SNP位点均为同义突变.DKK1基因的CDS区包含有1条长789 bp的核苷酸序列,编码262个氨基酸,蛋白分子量为28 349.17 D;DKK1基因编码的整个多肽链表现为亲水性,并具有信号肽序列,剪切位点最有可能位于第31～ 32位氨基酸,在第15 ～37位氨基酸间存在1个典型的跨膜结构域;其二级结构主要由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,属于mixed型蛋白;黔北麻羊DKK1基因编码的氨基酸与普通山羊、绵羊和牛等物种均具有较高同源性,基因系统进化情况与其亲缘关系基本一致.[结论]DKK1基因在进化上较保守,其可作为动物骨骼生长发育研究和相关疾病鉴定的重要候选基因.

关键词：黔北麻羊、DKK1基因、多态性、生物信息学

所属期刊栏目：31

分类号：S827(家畜)

资助基金：贵州省农业科技攻关项目黔科合NY字20153010-1;贵州省科技计划项目子项目创新载体建设项目“仁怀农业科技园黔北麻羊生态循环示范区建设”ZJNLT-RH-RH-KJJ-002

在线出版日期：2018-03-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：211-216