茶树表达序列标签中的微卫星特征分析

摘要：

从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对童24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析.结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80％的微卫星序列5299个,在这些徽卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总教的61.96％,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21％.4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74％,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(130个).以上结果说明茶树EST序列中含有丰富的微卫星,这非常有利于开发表达序列中的微卫星标记,为含有微卫星的基因的标识、表达提供了很好的基础.

关键词：茶树、表达序列标签、微卫星

所属期刊栏目：28

分类号：S571.1

资助基金：国家“973”项目2012CB722900

在线出版日期：2015-09-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1014-1019