杨树全基因组微卫星序列的统计及其生物信息学分析

摘要：

本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析.结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63％,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26 个/Mb.毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体.毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310 ～360个/Mb,无明显差异.通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性(Kendall's tau-b,P＞0.05;Spearman's rho,P＞0.05),而其染色体长度与其所含SSRs数量具有高度正相关性(r＞ 0.85,P＜0.01).毛果杨金基因组中单核苷酸SSRs序列数量最多(42.79％),其次依次是二核苷酸＞三核苷酸＞四核苷酸＞五核苷酸＞六核苷酸重复类型.毛果杨全基因组SSRs各重复类型拷贝数分布范围为4 ～111次,主要集中在4～30次.

关键词：杨树、全基因组、微卫星标记、生物信息学

所属期刊栏目：28

分类号：S823;S826(家畜)

资助基金：重庆三峡学院人才引进项目12RC03;重庆三峡学院科研创新团队201302;重庆三峡学院青年项目13QN12

在线出版日期：2015-06-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：527-533