番茄斑萎病毒属病毒非结构蛋白NSs的生物信息学分析

摘要：

番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息.从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1％;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSlTE对NSs进行模体预测分析,结果显示Tospovirus病毒NSs共有的蛋白修饰:C蛋白激酶磷酸化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化和N-酰基化.此外,不同种的Tospovirus病毒NSs模体也表现出了多样性的特点.预测结果为下一步研究NSs功能奠定了基础.

关键词：番茄斑萎病毒属、非结构蛋白、NSs、生物信息学

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分类号：S436.412(病虫害及其防治)

资助基金：“973”计划前期研究专项2010CB134501;国家自然科学基金31060237

在线出版日期：2014-06-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：646-651