西洋参EST资源的SSR信息分析

摘要：

为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb.含SSR的E ST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR.SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp.在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%.出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%).结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径.

关键词：西洋参、EST、SSR信息

所属期刊栏目：24

分类号：S567.5+1(经济作物)

资助基金：国家"十一五"科技支撑项目2006BAI06A12-13;云南省自然科学基金项目2007C136M

在线出版日期：2011-06-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：275-278