Mapmarker/Exp 3.0遗传图谱构建中重要参数设置初步探讨

摘要：

Mapmarker/Exp(3.0)是目前分子作图中应用最广的软件之一,但由于许多重要参数的默认值并非是作图的最佳值,影响提高作图的精确性.本文以川麦42×川农16重组近交系(F_8)作图群体为实例,对Mapmarker/Exp 3.0软件在遗传作图中不同LOD值、max distance值以及用compare and try、compare和order 3种排序方式对遗传图谱的影响进行了初步比较, 结果表明,作图过程中,不应强求采取统一LOD值,对于特殊的连锁群可采取不同的LOD值;max distance值在20至50为宜,值过小容易遗漏大量本来正确连锁的标记;小于等于7个标记的连锁群可直接用compare命令排序.

关键词：Mapmarker/Exp3.0、遗传连锁图谱、LOD值

所属期刊栏目：22

分类号：S03

资助基金：国家自然科学基金30771338和30871532;国家863计划2006AA10ZIC6;国家小麦产业四川省国际合作项目;四川省应用基础研究;四川省育种工程和省育种攻关资助

在线出版日期：2010-03-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1508-1513