植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析

摘要：

应用SignalP 3.0、TMHMM 2.0、THUMBUP、big-PI、TargetP 1.01、Lipop 1.0、TatP 1.0等7种软件对植物病原细菌RalswnmsolanacearumGMI10000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析.结果表明,该物种染色体基因组分泌信号肤ORFs有178个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于I型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肤.在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于I型信号肽,2个属于Ⅱ型信号肽.通过软件预测未发现Come型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构.在染色体分泌信号肽ORFs中.有116个具可预测功能,其余62个为功能未知的推定蛋白.巴知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域,这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作,相互适应的结果.78个,占其基因组编码ORFs的5.2%,其中有150个ORFs属于I型分泌信号肽,28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肤.在178个ORFs中具RR-motif信号肽结构的有13个,其中11个属于I型信肽,2个属于Ⅱ型信号肽.通过软件预测未发现Come型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构.在染色体分泌信号肽ORFs中.有116个具可预测功能,其余62个为功能未知的推定蛋白.巴知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域,这些功能是该物种在长期进化过程中与环境

关键词：Ralstonia solanacearum、GMI1000、染色体基因组、分泌信号肽

所属期刊栏目：21

分类号：S432.4(病虫害及其防治)

资助基金：云南省自然科学基金2006C0062M;云南省科技攻关计划2006NG08;云南省自然科学基金2004C0025Q

在线出版日期：2008-06-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：340-345