栽培丹参居群外转录间隔区(ETS)遗传多样性分析

摘要：

为了解栽培丹参居群核糖体RNA基因外转录间隔区(ETS)的遗传多样性及其系统发育关系,该研究以征集到的国内40份栽培丹参居群为材料,采用PCR首次成功扩增了栽培丹参居群的ETS序列,利用生物信息学手段对其序列进行了分析比较.结果表明:40个栽培丹参居群的ETS序列长度为421～433 bp,其中32个栽培丹参居群ETS序列长度为422 bp;GC含量为56.8％～62.8％,向GC方向偏斜;共有241个单核苷酸多态性(SNP)变异位点,变异率高达54.8％,有205个简约信息位点;基于ETS序列的SNP指纹可以鉴定14个栽培丹参居群.贝叶斯分析表明:其最佳核苷酸替代模型为HKY+I.对ETS序列的遗传多样性分析表明:栽培丹参在物种水平上存在非常丰富的遗传多样性.中性检验显示其在p>0.10的水平差异不具有统计学意义,符合中性进化模型.基于ETS序列的系统进化树表明:40个栽培丹参居群聚类在2个系支上,其中最大似然法(ML)和邻近连接法(NJ)聚类结果一致,较最大简约法更适合丹参ETS聚类分析.

关键词：丹参、栽培居群、外转录间隔区、遗传多样性、系统发育关系

所属期刊栏目：44

分类号：Q949.777.6(植物学)

资助基金：国家重点研发计划;国家重点研发计划

在线出版日期：2022-12-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：29-38