微孢子虫PolyA位点的预测

摘要：

多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤,其位点的预测对基因组序列中编码基因的发掘具有重要的参考价值. 本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象,根据该物种的基因表达偏好设计了一个算法,对其PolyA位点进行预测分析. 首先,采用k阶核苷酸频率形式和位置权重矩阵形成初始的特征,然后用PCA降低特征空间的维数,得到的数据用机器学习方法进行分析,产生一个较好的分类结果. 其中基于支持向量机的实验得到的敏感度(Sp)和ACC分别达到了87.33%和85.14%,这在微孢子虫的PolyA位点预测上取得了较为理想的效果,并为以后机器学习算法在微孢子虫基因预测领域做了很好的尝试.

关键词：PolyA信号、微孢子虫、位置权重矩阵、机器学习

所属期刊栏目：39

分类号：TP399(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金面上项目31371055;中央高校基本业务费专项资助项目XDJK2015A010

在线出版日期：2017-05-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：138-143