星毛唐松草叶绿体基因组的测序及其密码子偏好性分析

摘要：

通过全基因组重测序数据对星毛唐松草的叶绿体基因组进行组装,并对其密码子偏好性进行分析.结果表明:星毛唐松草的叶绿体基因组全长为 155969 bp,具有非常典型的四分体结构;密码子偏好性分析表明,筛选的 48 条基因序列中,GC1、GC2、GC3 的平均含量分别为 47.97,39.99,30.07,表现出显著的差异;有效密码子数(ENC)与GC1 和GC2 的相关性不显著,而与GC3 显著相关;中性绘图分析表明GC3 与GC12 的相关性显著,且密码子的偏好性受自然选择的影响;ENC-plot及ENC比值频数分布结果表明,大多数基因的ENC值低于预期值,仅有 10 个基因受到突变的影响,其他基因则主要受到自然选择的影响;同义密码子相对使用度(RSCU)分析表明,18 个最优密码子均以A和U结尾.该研究为星毛唐松草叶绿体基因工程的开展奠定了基础,为其遗传多样性、遗传结构及群体遗传学的研究提供了参考信息.

关键词：星毛唐松草、叶绿体基因组、密码子偏好性、最优密码子

所属期刊栏目：43

分类号：Q343.1(遗传学分支学科)

资助基金：江苏省特色花卉工程中心项目;江苏省省级作物种质资源库球宿根花卉项目;四川省自然科学基金

在线出版日期：2023-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：47-56