复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性分析
为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析.结果表明:复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC1(47.27％)＞GC2(39.49％)＞GC3(29.84％),且有29个密码子RSCU＞1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾.有效密码子数ENC值在36～61之间,密码子使用偏性较弱.ENC与GC3间具有极显著的相关关系,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性.中性分析结果显示,GC3与GC12间无显著的相关关系(r=0.198,P＞0.05),回归系数为0.2652,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响.ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响.综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响.最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA 共 12 个为最优密码子.
复羽叶栾树、叶绿体基因组、密码子偏好性、最优密码子
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S792.99(森林树种)
国家中医药管理局全国中药资源普查项目GZY-KJS-2018-004
2023-06-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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