芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析

摘要：

为探明芸薹属作物TT8基因的序列特征和基因组组成,以拟南芥TT8基因为种子序列,利用BLAST工具对芸薹属作物(白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、芥菜、黑芥)TT8同源基因进行系统鉴定,对其核苷酸和氨基酸序列进行比较分析.结果表明:在芸薹属作物中共鉴定出7个AtTT8同源基因,其中甘蓝型油菜2个、白菜1个、甘蓝1个、芥菜2个、黑芥1个.芸薹属作物7个TT8基因的基本理化性质、亚细胞定位和蛋白三级结构等均无明显差异;氨基酸序列高度相似,均属bHLH超家族,其中甘蓝型油菜两个TT8同源拷贝分别同白菜与甘蓝聚为一类,亲缘关系紧密;sgRNA分析获得了 4条在7个AtTT8同源基因中均高度保守存在的sgRNA位点,推测与TT8基因功能高度相关.最后,本研究还分析43份甘蓝型油菜种质材料的重测序数据,在甘蓝型油菜TT8两个同源基因中共检测到11个多态性位点,包括4个SNP和7个InDel,总频率分别为0.00109和0.00199,均位于 5'UJTR 区.

关键词：芸薹属、TT8基因、生物信息学、sgRNA

所属期刊栏目：42

分类号：Q7(分子生物学)

资助基金：云南省重点研发计划项目;云南省农业基础研究联合专项;云南省教育厅科学研究基金

在线出版日期：2023-02-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：44-55