基于转录组的疏花软紫草低拷贝核基因引物开发

摘要：

基于高通量的转录组测序,为大量并快速的开发分子标记提供契机。本研究对紫草科植物疏花软紫草进行转录组测序,共得到92042086条reads,从疏花软紫草158446个Unigene中搜索到332个低拷贝核基因。为进行多态性验证,从中随机挑选30个设计引物,并对3个疏花软紫草种群共9个个体进行PCR扩增,结果发现其中16对引物能够扩增出单一稳定的目的条带,从中随机挑选7个片段进行群体测序并计算DNA多态性。结果表明,7对引物的多态性位点平均值为6.57,单倍型平均值为5.14,单倍型多态性( HD)在0.389~0.944之间,核苷酸多态性(Pi)为0.00148~0.01723。通过转录组测序技术开发的低拷贝核基因有较高的多态性,且可以有效地运用于群体遗传学和谱系地理学研究中。另外,这些低拷贝核基因能够被运用于软紫草属植物系统发育重建以及物种形成等研究工作中。

关键词：疏花软紫草、转录组、低拷贝核基因、引物

所属期刊栏目：36

分类号：S718.46(林业基础科学)

资助基金：云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室研究生开放基金 YNGB201507资助；西南地区生物多样性保育国家林业局重点实验室开放基金资助。

在线出版日期：2016-06-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：86-90