菊花EST-SSR分析及标记开发

摘要：

为了开发菊花的分子标记,对7 087条菊花EST进行拼接,得到275个contigs,发现50个SSR位点；在拼接的contigs中SSR平均密度为每2 854.3 bp含有1个SSR.三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的50.00％；在二碱基重复中,最主要的优势重复基元是AC和AG;三碱基中CAT和CCA为优势重复基元；四碱基、五碱基重复类型中,(TTTN)n和(ATTTN)n重复基元为对应优势基元；这些优势重复基元中富含碱基A和T,菊花EST序列中高度变异的微卫星(长度＞20 bp)约占2.00％.根据得到的菊花EST-SSR,共设计出428对引物,并选取了28对SSR引物对黄山贡菊基因组DNA进行PCR扩增,其中有27对引物扩增成功.

关键词：表达序列标签、简单重复序列、微卫星变异、菊花

所属期刊栏目：33

分类号：S718.46(林业基础科学)

资助基金：安徽省教育厅自然科学项目KJ2011B169;高校省级优秀青年人才基金项目2012SQRL185

在线出版日期：2013-06-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：39-44