基于高通量测序分析牛呼吸系统疾病鼻咽微生物多样性和功能预测研究

摘要：

为研究患呼吸系统疾病(BRD)的牛鼻咽部微生物的多样性及其基因功能,搜集贵州省不同地区3个牛场的患病牛鼻拭子(分别为R1、R2和R3组),利用Illumina高通量测序技术鉴定牛鼻咽部微生物多样性.平均得到细菌类有效序列64128条,聚类为3675个操作分类单元(OTUs);真菌类有效序列65472条,聚类为2646个OTUs.经分类学鉴定,细菌类属32个门、52个纲、124个目、233个科和582个属;真菌类属14个门、32个纲、97个目、223个科和407个属.细菌中的优势菌群为拟杆菌门(19.19％～47.15％)和变形杆菌门(16.04％～48.53％);属水平下,致病性细菌有支原体(0.68％～7.82％)、曼氏杆菌(0.19％～3.06％)、不动杆菌(0.74％～10.92％)、巴氏杆菌(0.44％～3.97％)和金黄杆菌(0.25％～2.75％)等.真菌中的优势菌群为子囊菌门(40.73％～61.4％)和担子菌门(6.88％～24.3％);属水平下,致病性真菌有曲霉菌属(1.19％～16.26％)、假丝酵母属(0.19％～7.6％)和克柔氏菌属(2.28％～45.1％)等.细菌类KEGG功能分类注释显示,R1组和R2组代谢类的相关通路丰度增加,R3组疾病感染、信号转导等相关通路丰度增加.真菌功能注释显示3组样品中均存在动物病原菌丰度增加.结果 表明,患BRD牛鼻咽部微生物组成相似,但相对丰度存在差异;除常见的菌群外,还存在致病性细菌和真菌.

关键词：牛呼吸系统疾病;高通量测序;16S rRNA;鼻咽部微生物;微生物多样性;功能预测

所属期刊栏目：53

分类号：S823.83(家畜)

资助基金：贵州省科技支撑计划项目;贵州省农业领域重点项目;贵州省科技厅平台建设项目

在线出版日期：2021-10-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：109-118