猪传染性胃肠炎病毒TH-98株的遗传变异分析

摘要：

猪传染性胃肠炎病毒(TGEV) TH-98株是1998年在黑龙江省哈尔滨市郊区疑似感染TGEV的猪场中分离出来的高致病性毒株.采用RT-PCR以及RACE技术扩增出TGEV的全基因组序列并上传至GenBank,将TH-98株同GenBank中其他13株TGEV进行比较.结果表明14株TGEV Nsp1～ Nsp16、S、ORF3a、ORF3b、E、M、N和ORF7氨基酸序列同源性分别为98.0％～ 100％、97.3％～ 99.8％、91.2％～ 100％、27.O％～100％、93.8％ ～ 100％、99.6％ ～ 100％、97.3％ ～ 100％和92.3％～ 100％.与已发表的13株TGEV毒株相比,TH-98株Nsp1～ Nsp16、E、N及ORF7基因均无缺失或插入:与Miller M60的M基因相比,TH-98株有6nt的缺失.不同的TGEV株的突变、缺失、插入主要发生在ORF3b和S基因中.进化树分析可知TGEV TH-98与Purdue株亲缘关系较近,同Miller株拥有共同的祖先.TH-98株同近几年分离出的毒株JS2012、TGEV-HX、SHXB全基因序列同源性分别为98.6％、98.8％、99.8％.研究表明,TH-98株与目前流行的TGEV毒株相比没有发生明显的变化.

关键词：猪传染性胃肠炎病毒、全基因序列、克隆、遗传变异

所属期刊栏目：49

分类号：R382.5(医学寄生虫学)

资助基金：“十二五”国家科技计划农村领域项目;中国博士后科学基金

在线出版日期：2017-12-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：52-60