猪流行性腹泻病毒RAA-CRISPR/Cas13a检测方法的建立与初步应用

摘要：

将重组酶辅助扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a)技术相结合,即RAA-Cas13a,建议建立高效、灵敏、特异的猪流行性腹泻病毒(por-cine epidemic diarrhea virus,PEDV)检测方法.针对PEDV N基因保守区设计RAA特异性引物和CRISPR RNA(crRNA),利用RAA技术扩增样本核酸,并进行CRISPR-Cas13a荧光检测,以RT-qPCR为对照方法,评价该方法的灵敏度、特异性及与RT-qPCR法的一致性.结果表明,该方法最低可检测至101 copies·μL-1,且与猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒及猪伪狂犬病病毒等常见猪源病原核酸检测无交叉反应.采用RAA-Cas13a检测40份临床样本与RT-qPCR方法阳性符合率为100％,阴性符合率为84.6％,总符合率为95％,Kappa值为0.881.本研究建立的RAA-Cas13a方法灵敏度高、特异性强,为PEDV的临床诊断和流行病学监测提供了可靠的技术手段.

关键词：猪流行性腹泻病毒、CRISPR/Cas13a、重组酶辅助扩增、N基因、检测

所属期刊栏目：54

分类号：S852.659.6(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金;安徽省高校协同创新项目

在线出版日期：2023-10-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：3991-3997