基于GBS简化基因组测序数据重建麦洼牦牛保种群系谱

摘要：

旨在利用简化基因组测序技术(genotyping-by-sequencing,GBS)构建四川省龙日种畜场的3个麦洼牦牛保种群(全黑群、粉嘴群和弗洛群)系谱,为麦洼牦牛保种选育工作打下基础.本研究从3个保种群选取406头麦洼牦牛(全黑群211头、粉嘴群140头、弗洛群55头),采血提取DNA后进行GBS测序,利用获得的SNP对保种群亲缘关系展开研究,并初步构建系谱.结果:GBS测序后获得高质量SNP位点126 122个.PCA分析(principal component analysis,PCA)表明粉嘴群和全黑群有明显的分化趋势,弗洛群与全黑群、粉嘴群部分个体聚类紧密.本研究共计算出164 836个亲缘关系对,依据个体间的亲缘系数,判定出134个全同胞关系,912个半同胞关系,136个疑似亲子关系或全同胞关系,520个疑似半同胞关系或叔侄关系,205个疑似半同胞关系或叔侄关系或祖孙关系.结合群体进化树和亲缘关系分析,将保种群划分为12个家系(G1～G12).家系遗传多样性分析结果表明,12 个家系的观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)为 0.288 9～0.305 5,期望杂合度(expected heterozygosity,He)为0.307 4～0.307 6,平均Ho低于平均He,表明12个家系均存在一定程度的近交,G8的Ho最小,为0.288 9,其FIS最大,为0.060 7.本研究利用GBS技术获得的SNP判定了麦洼牦牛保种群的亲属关系,并将保种群划分为12个家系,初步完善了保种群的系谱,为后续保种选育方案的实施奠定了基础.

关键词：麦洼牦牛、GBS技术、亲缘关系、分子系谱

所属期刊栏目：54

分类号：S823.85(家畜)

资助基金：四川省科技计划项目;四川省重点研发项目;四川省科技计划项目

在线出版日期：2023-10-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：3710-3721