利用全基因组重测序数据检测8个鸭品种基因组拷贝数变异

摘要：

旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations,CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础.本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共数据库中下载的8个鸭品种共78个个体的全基因组重测序数据,采用CNV nator和CNV caller软件进行全基因组CNVs检测,同时只保留两个软件检测结果中存在至少1 bp重叠的同类型CNVRs,以消除假阳性对试验结果的影响.结果显示,8个鸭品种的CNVs合并后共检测出7 550个CNV regions(CNVRs),其中包括7 098个duplications和452个deletions.这些CNVRs在鸭29条常染色体上呈不均匀分布,总长度为16 111.2 kb,平均长度为2 134 bp,约占鸭基因组的1.51％.此外,本研究在8个鸭品种共筛选到4 304个潜在的品种特异性CNVRs,覆盖1 230个注释基因.通过基因功能Gene Ontology(GO)富集分析,鉴别到38个可能与生长和繁殖相关的CNVRs.本研究共发现7 550个CNVRs,筛选出4 304个潜在的品种特异性CNVRs,并鉴别到38个与鸭生长和繁殖潜在相关的CNVRs,为深入探究CNVs对鸭重要经济性状的影响提供了必要的研究基础.

关键词：鸭、全基因组重测序数据、基因组、拷贝数变异、CNVs

所属期刊栏目：54

分类号：S834.2(家禽)

资助基金：广东省乡村振兴战略专项资金种业振兴项目2022-XBZ-00-001

在线出版日期：2023-10-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：3700-3709