实验用荣昌猪SLA-1等位基因鉴定及分子遗传特征分析

摘要：

旨在明确实验用荣昌猪SLA遗传背景,深入研究SLA-1分子相关的抗原递呈和免疫应答机制,本研究对27头荣昌猪采集抗凝血,分离外周血淋巴细胞,提取总RNA,设计特异性引物对SLA-1基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,对获得序列的分子特征进行分析.结果显示,荣昌猪中共获得11个SLA-1等位基因,其中,9个为新等位基因,全部获得GenBank登录号和ISAG SLA命名委员会官方命名,SLA-1*24:01等位基因在该群体中频率最高.SLA-1基因编码区全长1 086 bp,存在127个核苷酸多态位点,非同义单核苷酸多态性位点数高于同义单核苷酸多态性位点数.核苷酸多样度为0.044 9,单倍型多样度为1,平均核苷酸差异数为48.782,G+C含量为64.9％.SLA-1基因编码的361个氨基酸中,有75个氨基酸变异位点;第2和第3外显子编码区多态性最高,且第2外显子区域的氨基酸变异程度高于第3外显子区,组成抗原肽结合槽6个口袋的33个关键氨基酸位点中,11个在人与荣昌猪之间高度保守,与β2 微球蛋白结合的19个关键氨基酸位点中,10个保持一致,CD8分子与MHC结合的关键氨基酸位点中,只有225(Thr/Ser)和228(Thr/Met)位点不同.同源性和系统进化树分析表明,SLA-1*10:03和SLA-1*18:03分别与人HLA-A*02:01和HLA-A*11:01等位基因的同源性最高,荣昌猪与亚洲野猪、巴马小型猪和融水小型猪等亚洲猪种具有较近的亲缘关系.本研究成功获得了中国地方猪种荣昌猪SLA-1基因,发现其具有极为丰富的多态性,为揭示荣昌猪的SLA遗传背景和开展异种移植研究奠定了遗传学基础.

关键词：荣昌猪、SLA-1等位基因、鉴定、分子特征

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分类号：S852.4(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家重点研发计划;国家自然科学基金;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项;兽医生物技术国家重点实验室课题;兽医生物技术国家重点实验室课题

在线出版日期：2023-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：3064-3077