基于70 K SNP芯片分析济宁青山羊保种群体的遗传结构

摘要：

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构.本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测,利用Plink软件、GCTA工具和R语言,对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行分析,以期揭示个体之间的亲缘关系.结果共得到67 088个SNPs,个体的基因型检出率达到了 98％以上;通过Plink(V1.90)软件质控,过滤掉一个样本,剩余的SNPs有57 991个,其中85.5％的SNPs具有多态性;各位点平均有效等位基因数为1.697,平均多态信息含量(PIC)为0.283,最小等位基因频率(MAF)为0.293,群体平均观察杂合度(Ho)为0.409,平均期望杂合度(He)为0.418;济宁青山羊保种群体的平均状态同源(IBS)遗传距离为0.333 4.23只种公羊的平均IBS遗传距离为0.330 3,IBS遗传距离和G矩阵结果均表明部分种羊之间有亲缘关系.在40只个体中共检测到347个长纯合片段(ROH),基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.047 9,近交程度低,群体遗传多样性丰富.基于IBS距离矩阵、G矩阵,结合邻接系统发育树,以公羊间分子亲缘系数0.1为标准进行聚类,将23只公羊划分为14个家系.综上,济宁青山羊保种群体遗传多样性较丰富,近交程度低,保种效果良好,建议后续工作持续关注各家系数量,确保家系结构维持平衡.

关键词：济宁青山羊、SNP芯片、遗传多样性、亲缘关系、群体遗传结构

所属期刊栏目：54

分类号：S827.2(家畜)

资助基金：山东省自然科学基金;山东省农业良种工程;中央引导地方科技发展资金;山东省畜禽遗传资源保种场;基因库保护项目

在线出版日期：2023-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2836-2847