皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘

摘要：

旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点.本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息,利用挑选最大分类能力方法,将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集,进行皖岳黑猪特征位点选择,并对筛选到的SNPs进行基因功能注释.全基因组重测序分析结果显示,皖岳黑猪群体共获得31 534 384个SNPs,43 673个SVs,3 258个CNVRs,并筛选出33个皖岳黑猪特异位点;对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析,发现它们与生长(SUSD4、NELL1、GPC6)、繁殖(KHDRBS2、CRISP1)、免疫(NECTIN1)、神经调节及环境适应性(GRIK4)相关;群体遗传结构分析结果显示,皖岳黑猪有效群体较小为4.2,个体间的遗传距离在0.157 4～0.287 3之间,平均为0.243 5±0.022 2;皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320,观察杂合度为0.328,多态性标记比例为0.788,多态性较为丰富;皖岳黑猪基因组ROH总长度在14.6～178.0 Mb,平均ROH长度为(61±9.4)Mb,群体近交系数较低,为0.025±0.004.综上,皖岳黑猪基因组遗传变异位点丰富,证明了皖岳黑猪在选育过程中保留了较丰富的遗传多样性,个体间遗传距离较远.结果为皖岳黑猪的持续选育提供了科学参考.

关键词：皖岳黑猪、全基因组重测序、基因组遗传变异、特征SNPs、遗传结构

所属期刊栏目：54

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：国家自然科学基金;安徽省高校协同创新项目;安徽省地方猪新品种系培育;创新利用联合攻关项目;国家重点研发计划;安徽省科技重大专项

在线出版日期：2023-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2783-2793