基于全基因组重测序对晋汾白猪单核苷酸多态性位点鉴定和筛选

摘要：

旨在鉴定晋汾白猪单核苷酸多态性位点(SNP)并分析其特征,筛选特异性SNPs.本研究对30头晋汾白猪(9头公猪和21头母猪)耳组织DNA进行全基因组重测序,利用GATK和VEP软件检测变异位点和进行注释分类.整合晋汾白猪与其亲本的基因组重测序数据,基于等位基因频率检测晋汾白猪特异SNPs位点,并进行功能富集分析.经测序以及数据过滤后共获得约1 761.73 Gb的Clean reads,Q30均值为91.77％,平均比对率为75.61％,平均覆盖度为14.7 X.去冗余后共得到14 680 807个SNPs,大部分SNPs位于1号染色体和基因非编码区.基于等位基因频率筛选到87 366个晋汾白猪特异SNPs,主要分布于2号染色体和内含子区.此外,外显子区的错义突变SNPs位点分布于343个基因,这些基因显著富集于细胞器和细胞器组分等GO生物学过程,以及肠道免疫、脂肪酸降解等KEGG信号通路.利用全基因组重测序和生物信息学技术分析了晋汾白猪SNPs与其特征,并筛选了 87 366个特异SNPs位点,将为晋汾白猪分子标记开发、种质鉴定、分子育种等工作奠定研究基础.

关键词：晋汾白猪、全基因组重测序、单核苷酸多态性

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分类号：S828.2(家畜)

资助基金：山西省重点研发计划项目;山西种业创新良种联合攻关项目;山西省基础研究计划自由探索类青年科学研究项目;山西农业大学科技创新基金项目

在线出版日期：2023-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2761-2771