中国禽传染性支气管炎病毒的遗传演化及时空传播分析

摘要：

对从GenBank数据库下载的所有传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)中国分离株之N基因序列进行分析,旨在探索其遗传变异规律和时空传播情况.通过生物信息学软件MEGA 6.0、RDP 4.95、Sim-Plot 3.5.1、BEAST v1.10.4、jmodeltest 2.1.7、Tracer v1.7.1、TempEst v1.5.1、FigTree v1.4.3 以及 SpreaD3 v0.9.7等对分离株分别进行系统进化树、基因重组、毒株溯源、种群动态和时空传播分析.系统进化树分析显示,国内IBV毒株分为6种基因型,以LX4型为主;重组分析发现,1株四川分离株N基因存在重组现象;贝叶斯最大分支置信树分析显示,中国IBV最可能起源于20世纪30年代初的辽宁省.贝叶斯谱系地理学分析显示,IBV毒株在国内存在多条传播路径并形成了 3个流行中心:东北地区(黑龙江、辽宁和吉林)、华北和华东地区(河北、山东和江苏)以及华南地区(广东、广西),其中,山东最可能成为IBV的毒株来源库.本研究揭示了中国IBV的起源及其传播途径,N基因存在基因重组现象,提示有必要加强分离株N基因的分析,持续开展系统的分子流行病学研究.

关键词：禽传染性支气管炎病毒、遗传变异、基因重组、起源、时空传播

所属期刊栏目：54

分类号：S851.31(动物医学（兽医学）)

资助基金：广东省普通高校特色创新类项目;广东科贸职业学院博士科研启动基金项目;广东科贸职业学院横向项目;广东省清远市清城区现代农业产业园项目

在线出版日期：2023-07-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2543-2554