基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究

摘要：

旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构.本研究采用"中芯一号"芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率,分析丫杈猪群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state,IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),采用GCTA软件构建G矩阵,分析丫杈猪群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析丫杈猪群体的家系结构.结果显示,166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点,通过质量控制的SNP位点有36 243个;有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系;ROH片段共有3 226个,其中40.96％的长度在0～100 Mb之间,基于ROH的平均近交系数为0.069;群体进化树结果表明,丫杈猪公猪被分为8个血缘,数量与传统系谱记录的相同,但血缘间有个体差异.综上所述,丫杈猪保种群的有效群体含量偏低,遗传多样性中等偏低,近交程度不严重,可引入或创建新血缘,扩大有效群体含量,提高群体遗传多样性.

关键词：丫杈猪、SNP芯片、遗传多样性、遗传结构

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分类号：S828.2(家畜)

资助基金：国家重点研发计划;国家重点研发计划;四川省科研院所基本科研项目;四川省科技创新人才项目;四川省重大科技专项;四川省重大科技专项;国家自然科学基金;四川省重点研发项目;四川省重点研发项目;四川省重点研发项目;四川省重点研发项目;四川省重点研发项目;四川省重点研发项目;现代农业产业技术体系;现代农业产业技术体系四川创新团队;现代农业产业技术体系四川创新团队;现代农业产业技术体系四川创新团队;四川省财政专项

在线出版日期：2023-07-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2308-2319