基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性

摘要：

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性,更好的保护和利用内江猪遗传资源.本研究基于低深度全基因组测序,检测了 133头(12头公猪,121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90％和95％获得两组SNP数据,分别编号为NJ90和NJ95.针对两组数据,通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构,通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性,最后利用不同方法评估了群体近交系数.结果显示:1)NJ90共包含135 760个SNPs位点,其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点,其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31.2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9％;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7％.3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系,可将群体分为6个家系.4)根据SNP纯合性评估群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为0.27和0.01;根据连续性纯合片段估计群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为6.65％和0.02％.综上所述,内江猪群体具有较为丰富的遗传多样性,群体遗传距离和亲缘关系较远,近交程度较低,根据公猪聚类和亲缘关系可以分为6个家系,具有较好的遗传资源保护和开发利用的基础.同时低深度重测序对比SNP芯片能够更大范围覆盖基因组信息,对群体遗传多样性分析和遗传结构分析更具参考价值.

关键词：低深度全基因组测序、内江猪、群体结构、遗传多样性

所属期刊栏目：54

分类号：S828.2(家畜)

资助基金：四川省科技厅项目;四川省科技厅项目;四川省科技厅项目;四川省猪创新团队;农业部生猪产业体系项目

在线出版日期：2023-07-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2297-2307