雷琼牛与陆丰牛背最长肌lncRNA表达特点及其相关ceRNA网络分析

摘要：

旨在筛选雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的竞争调控网络、搜寻lncRNA顺式靶向调控基因并进行功能预测,挖掘可供提升华南地区地方品种黄牛肉用价值的关键候选基因.本研究随机选取4月龄雌性雷琼牛与陆丰牛各4头,取背最长肌组织用于RNA测序,测序结果使用RT-qPCR验证.筛选两品种黄牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs和mRNAs,用于构建差异表达转录本的竞争调控网络以及搜寻lncRNA顺式靶向调控基因.候选基因使用GO和KEGG富集分析进行功能预测.结果表明,以雷琼牛为对照组,两个品种中存在119个差异表达的lncRNAs,其中73个上调表达,46个下调表达;差异表达的miRNAs共有13个,其中7个上调表达,6个下调表达;差异表达的mRNAs共有599个,其中155个上调表达,444个下调表达.竞争性调控网络中mRNAs的GO富集结果显示,与肌生成相关的条目主要为磷酸化以及膜结构等,KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为Rap1、MAPK、PI3K-Akt等信号通路.顺式靶向调控基因的GO富集分析显示,与肌生成相关的GO条目主要为肌肉结构的发展、肌肉器官的发育等,KEGG富集结果中与肌生成相关的通路主要为MAPK信号传导途径以及局部粘附等.本研究筛选了雷琼牛与陆丰牛背最长肌差异表达lncRNAs、miRNAs以及mRNAs,构建了竞争调控网络并搜寻了 lncRNA的顺式靶向调控基因,为进一步对华南地区地方品种黄牛肉用价值进行合理的开发与利用提供理论支持.

关键词：陆丰牛、雷琼牛、背最长肌、lncRNA、ceRNA网络

所属期刊栏目：54

分类号：S823.2(家畜)

资助基金：广东省重点领域研发计划2022B0202110002

在线出版日期：2023-06-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1951-1963