基于简化基因组测序的永登七山羊遗传多样性分析

摘要：

旨在通过简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术分析永登七山羊群体遗传多样性和群体结构,为永登七山羊作为新发现资源申报提供支撑.本研究以甘肃省4个地方绵羊群体(每个群体随机选取10只成年健康母羊)作为研究对象,利用SLAF技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs).通过perl编程计算观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、香浓维纳指数(SHI)和基因多样性指数(Nei)等5个遗传多样性指标;PopLDdecay软件分析每个品种连锁不平衡情况;elgensoft软件进行主成分分析(PCA);mega x软件构建4个绵羊品种的系统发育树;structure软件进行群体遗传结构分析;gcta软件进行亲缘关系分析.结果表明,40只绵羊个体共检测到1 658 596个SNPs位点,其中大部分SNPs位点位于基因间区域.永登七山羊群体Ho、He、PIC、SHI、Nei指标值分别为0.082、0.277、0.221、0.411和0.305,且永登七山羊的连锁不平衡系数较高,衰减速度较慢,说明永登七山羊群体遗传多样性低;永登七山羊与滩羊、兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊之间的遗传分化系数(Fst)分别为0.090 6、0.098 0和0.104 5,表明永登七山羊与其他3个品种之间分化程度较高;PCA显示,群体间聚类模式差异明显,可将永登七山羊与兰州大尾羊、滩羊和岷县黑裘皮羊区分开;系统发育树结果表明,兰州大尾羊独自聚为一大支,永登七山羊和滩羊聚为另一大支,亲缘关系较近,随后永登七山羊逐渐分离出来独自聚为一小支;structure分析表明,K=2为最优分群数,即4个群体来自两个原始祖先,随着K值逐渐增加,部分永登七山羊个体发生分离,与其他品种遗传背景差异明显.亲缘关系热图显示,每个亚群个体之间亲缘关系较低.结果提示,永登七山羊与兰州大尾羊群体遗传多样性低,永登七山羊与滩羊、兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊之间分化明显,这为进一步挖掘永登七山羊种质资源特性提供了理论数据.

关键词：永登七山羊、种质资源、遗传多样性、群体结构、简化基因组测序

所属期刊栏目：54

分类号：S827.2;S813.9(家畜)

资助基金：农业农村部政府购买服务项目;甘肃省农业种质资源普查项目

在线出版日期：2023-06-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：1939-1950