猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学分析

摘要：

旨在探究鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学特征.采用Illumina NovaSeq 6000平台对91株河南省猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-分离菌进行全基因组测序,通过生物信息学分析,进行其血清型的预测、多位点序列的分型以及质粒类型、耐药基因和毒力基因分析.结果表明,在河南省猪产业链中沙门菌4,[5],12:i:-的流行率(1.58％,50/3 173)已经超过鼠伤寒沙门菌的流行率(1.29％,41/3 173);91株沙门菌的序列型分为ST34(71.42％,65/91)和ST19(28.57％,26/91);鼠伤寒沙门菌/ST34菌株和4,[5],12:i:-/ST34菌株都是IncHI2A_1、IncHI2_1和Co1440I_1质粒的偏好宿主;沙门菌血清型4,[5],12:i:-携带率较高的耐药基因是blaTEM-1B_1(72％)、tet(B)_2(90％)、sul2_3(66％)、blaOXA-1_1(34％)等;相比鼠伤寒沙门菌菌株,沙门菌血清型4,[5],12:i:-菌株中质粒的携带率更高,且携带更多种类的耐药基因和毒力基因.本研究首次证实,河南省猪产业链中沙门菌血清型4,[5],12:i:-的流行已经超过鼠伤寒沙门菌,在一定程度上解释了该血清型在河南省病人中主要流行的原因.

关键词：沙门菌血清型4、[5]、12:i:-、鼠伤寒沙门菌单相变种、猪产业链、基因组学、耐药基因、毒力基因

所属期刊栏目：54

分类号：S852.61(动物医学（兽医学）)

资助基金：河南省科技攻关;浙江省重点研发计划;浙江省重点研发计划;现代农业产业技术体系;河南牧业经济学院博士启动基金

在线出版日期：2023-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：1199-1209