影响山羊胎儿肌肉发育mRNA和lncRNA的鉴定与分析

摘要：

旨在分析雷州山羊胎儿70、90及120天背最长肌转录组测序中的差异表达mRNAs和lncRNAs及其靶基因,对差异表达基因进行功能富集分析,挖掘影响雷州山羊胎儿骨骼肌发育的关键候选基因.本研究选用年龄约2.5～3.5岁,饲养状况相同,健康无病,体重接近的雷州母山羊,分为妊娠期70、90和120天3组,每组各3只共9只,提取其胎儿背最长肌的RNA构建文库后使用Illumina HiSeqTM2500进行转录组测序,以Q＜0.05为阈值筛选出差异mRNAs和lncRNAs并进行生物学功能富集分析及构建靶向关系网络.最后通过荧光定量PCR鉴定差异基因表达水平,验证测序结果的可靠性.结果发现,在M70vs.M90组中,总共发现185个差异表达mRNAs,其中170个上调,15个下调,62个差异表达lncRNAs,40个上调,22个下调;在M120vs.M90组中,共发现1 048个差异表达mRNAs,666个上调,382个下调,352个差异表达lncRNAs,175个上调,177个下调.其中TNNT3、TNNI1、TNNT1、TNN I2、ITGA4、ITGA11、ITGB4等基因参与肌肉发育相关的调控通路如肌钙蛋白复合物、肌丝、粘附斑、ECM 受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等.根据lncRNA与mRNA的位置关系进行cis靶基因预测,总共筛选到37 464个靶基因,有10个差异表达mRNAs被差异表达lncRNA靶向,其中NDUFB2、BRAF、MET-TL7B和ITGA7参与粘着斑以及肌动蛋白细胞骨架的调控,METTL7B和ITGA7还参与PI3K-Akt信号通路,lncRNA TCONS_00214300靶向METTL7B和ITGA7.同时,8个差异表达 mRNAs和lncRNAs的RT-PCR 结果显示,8个基因的表达水平与转录组测序的表达趋势相似,说明测序结果可靠.结果显示,发现了影响雷州山羊胎儿肌肉发育的mRNA与lncRNA,发现了一些差异表达lncRNA和mRNA可能存在调控关系,对了解雷州山羊胎儿肌肉发育的分子调控机制提供了新的参考,也为雷州山羊分子选育提供了理论借鉴.

关键词：雷州山羊、mRNA、lncRNA、背最长肌

所属期刊栏目：54

分类号：S827.2(家畜)

资助基金：广东省现代农业产业技术体系;广东省科技特派员驻镇帮镇扶村项目

在线出版日期：2023-04-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：989-1002